Ibunda Amien Rais menginginkan anaknya menjadi kiai. Amien sendiri malah bercita-cita menjadi walikota. Namun takdir membawa Amien Rais ke pcntas politik nasional sebagai Ketua MPR periode 1999-2004.
Amien lahir di Solo, 26 April 1944, dari keluarga berlatar belakang agama yang kental. Ayahnya, Syuhud Rais, adalah kepala kantor Pendidikan Agama Surakarta; sedang ibunya, Sudalmiyah adalah seorang guru. Orangtuanya berharap setelah lulus dari SMA Amien bisa melanjutkan ke Akademi Tablig Muhammadiyah di Yogyakarta, kemudian meneruskan ke Mesir. Temyata, Amien kuliah di Jurusan Hubungan Intemasional Fisipol UGM.
Sejak SD sampai SMA ia selalu belajar di sekolah Muhammadiyah. Di luar itu, ia juga belajar di Mad.. asah; pertama di Mambaul Ulum, lalu di AI-Islam, keduanya di Solo.
Menonjol dalam studinya di UGM, Amien pun diterima sebagai dosen pada almamaternya. Amien bisa mengenyam pendidikan di Mesir, dengan menjadi mahasiswa luar biasa di Universitas Al-Azhar, Kairo, dalam rangka riset untuk meraih gelar doktor ilmu politik dari Universitas Chicago, AS. Setahun di Mesir, penelitiannya menghasilkan disertasi berjudul The Moslem Brotherhood in Egypt, its Rise, Denise, and Resurgence, yang memberinya gelar Doktor pada tahun 1981. Semula Amien dikenal sebagai seorang intelektual, ahli politik Timur Tengah. Ketika ia berkecimpung dalam politik praktis, dukungan yang paling kuat pun muncul dari kalangan intelektual, khususnya cendekiawan muslim.
Pada awal dekade 9O-an, Amien menampakkan diri sebagai akademisi yang vokal dengan menggulirkan wacana suksesi dalam Tanwir ke-73 Muhammadiyah di Surabaya, 1993. Saat itu isu suksesi masih dianggap tabu diperbincangkan. Selain suksesi, ia konsisten memprotes korupsi, kolusi, nepotisme dan kesenjangan sosial. Akibat kekritisannya, pada Maret 1997, Amien mundur dari Ketua Dewan Pakar ICMI.
Krisis ekonomi 1997 mengikis kepercayaan masyarakat terhadap pemerintah terkikis. Amien Rais mendapat momentum yang tepat untuk tampil ke muka. Ketika MPR pada bulan Maret 1998 memilih kembali Soeharto sebagai Presiden RJ, Amien memberi ultimatum. Ia memberi waktu enam bulan kepada kabinet Soeharto untuk mengatasi krisis. Kalau gagal, rakyat akan bergerak. Mei 1998, kerusuhan meletup di Jakarta, dan mahasiswa bergerak menduduki gedung DPR/MPR.
Sejumlah menteri menolak bergabung lagi dengan kabinet Soeharto yang direformasi. Akhirnya Jenderal Besar Soeharto mengundurkan diri. Tahun 1999 kebebasan berpolitik kembali hadir. Amien Rais dkk mendirikan partai terbuka yang bernama Partai Amanat Nasional (PAN). Dalam Pemilu 1999, hanya memperoleh suara 7%. Hasil ini kurang memadai untuk menopang Amien maju sebagai kandidat presiden. Amien memilih peran lain. Ia mendukung Gus Dur. Dalam voting, Gus Dur mengalahkan Megawati dan terpilih sebagai Presiden RI. Amien Rais berada dalam pusaran dinamika hubungan yang rumit antara NU dan Muhammadiyah, dua ormas Islam terbesar di negeri ini. Amien dan Gus Dur terlibat dalam hubungan yang diwarnai gejolak dan pasang-surut. Sejak NU keluar dari Masyumi tahun 1952, hubungan NU-Muhammadiyah memang agak renggang.
Tahun 2004, untuk pertama kalinya Indonesia menerapkan sistem pemilihan langsung untuk memilih presiden dan wapres. Amien tampil sebagai capres dan menggandeng Siswono Yudhohusodo sebagai cawapres. Dalam putaran pertama, Amien hanya menduduki urutan keempat di belakang Susilo Bambang Yudhoyono, Megawati dan Wiranto.